EMBOSS
EMBOSS é um acrônimo para European Molecular Biology Open Software Suite. EMBOSS é um pacote de análise de código aberto especialmente desenvolvido para as necessidades da comunidade de usuários da biologia molecular e da bioinformática.[1] O software automaticamente lida com dados em uma variedade de formatos e até mesmo permite a recuperação transparente de dados de seqüências a partir da web. Além disso, como bibliotecas extensas são fornecidas com o pacote, é uma plataforma que permite que outros cientistas desenvolvam e lançem softwares em um verdadeiro espírito de código aberto. EMBOSS também integra uma variedade de pacotes atualmente disponíveis e ferramentas para análise de seqüências em um conjunto harmonioso.
| European Molecular Biology Open Software Suite | |
|---|---|
| Desenvolvedor | Principais desenvolvedores:
|
| Versão estável | 6.4.0 (15 de julho de 2011) |
| Sistema operacional | Macintosh, Windows, Unix-like |
| Gênero(s) | Bioinformática |
| Licença | Licenças GPL e LGPL |
| Página oficial | emboss |
O EMBOSS permite a integração com uma ampla gama de pacotes e ferramentas existentes como o BLAST e o ClustalW.[2]
O pacote EMBOSS contém uma variedade de aplicações para alinhamento de sequências, busca rápida em banco de dados com padrões de seqüência, identificação de estruturas secundárias de proteínas (protein motif) (incluindo a análise de domínio), e muito mais.
Grupos de aplicação EMBOSS
| Grupo | Descrição |
|---|---|
| Acd | utilitário de arquivo Acd |
| Alignment consensus | Funde seqüências para obter um consenso |
| Alignment differences | Encontra diferenças entre as seqüências |
| Alignment dot plots | Comparações de seqüências tipo dot plot |
| Alignment global | Alinhamento global de seqüências |
| Alignment local | Alinhamento local de seqüências |
| Alignment multiple | Alinhamento múltiplo de seqüências |
| Display | Mostra seqüências |
| Edit | Edita seqüências |
| Enzyme kinetics | Calcula parametros de cinética enzimática |
| Feature tables | Ferramentas de anotacão |
| HMM | Análise de modelo oculto de Markov |
| Information | Ajuda geral e informacão |
| Menus | Interfaces de Menus |
| Nucleic 2d structure | Estrutura secundária de ácidos nucléicos |
| Nucleic codon usage | Uso de códons |
| Nucleic composition | Composição de nucleótidos de um ácido nucleico |
| Nucleic CpG islands | Detecção de ilhas CpG e análise |
| Nucleic gene finding | Predição de genes e outras características genômicas |
| Nucleic motifs | Busca de motivos em ácidos nucleicos |
| Nucleic mutation | Mutação de ácidos nucleicos |
| Nucleic primers | Predição de iniciadores (primers) |
| Nucleic profiles | Geração de perfis de ácidos nucleicos |
| Nucleic repeats | Detecção de repeticões em ácidos nucleicos |
| Nucleic restriction | Análise de restrição em seqüências de nucleótidos |
| Nucleic RNA folding | Análise e métodos de dobramento de ARN |
| Nucleic transcription | Fatores de transcrição, promotores e previsão de terminadores |
| Nucleic translation | Tradução de seqüência de nucleotídeos para seqüências de proteínas |
| Phylogeny consensus | Métodos de filogenia por consenso |
| Phylogeny continuous characters | Métodos de filogenia por carácter continuo |
| Phylogeny discrete characters | Métodos de filogenia por carácter discreto |
| Phylogeny distance matrix | Métodos de filogenia por matriz de distâncias |
| Phylogeny gene frequencies | Métodos de filogenia por freqüência genica |
| Phylogeny molecular sequence | Análise de seqüências e filogenia |
| Phylogeny tree drawing | Desenho de árvores filogenéticas |
| Protein 2d structure | Estrutura secundária das proteínas |
| Protein 3d structure | Estrutura terciária das proteínas |
| Protein composition | Composição de seqüências proteicas |
| Protein motifs | Búsca de motivos proteicos |
| Protein mutation | Mutação de proteínas |
| Protein profiles | Busca en perfis de proteínas |
| Test | Ferramentas de teste, não para uso geral |
| Utils database creation | Instalação de bases de dados |
| Utils database indexing | Indexação de bases de dados |
| Utils misc | Ferramentas utilitárias |
Ver também
Referências
- Rice P, Longden I, Bleasby A (2000). «EMBOSS: The European Molecular Biology Open Software Suite». Trends in Genetics. 16 (6). p. 276–277. PMID 10827456. doi:10.1016/S0168-9525(00)02024-2
- Markel, Scott; León, Darryl (2003). «12 - Emboss». Sequence Analysis. Beijing: O'Reilly. p. 73-241. 286 páginas. ISBN 0-596-00494-X
Ligações externas
- Homepage of EMBOSS
- Homepage of EMBnet
- EMBOSS explorer - web-based GUI for EMBOSS